เป็นโบราณสถานที่ตั้งอยู่นอกกำแพงเมืองทางด้านทิศเหนือ ที่เรียกว่า เขตอรัญญิก หรืออรัญวาสี วัดมะคอกมีอายุประมาณพุทธศตวรรษที่ 21 - 22 (พุทธศักราช 2001 - 2200) ตรงกับสมัยอยุธยาตอนต้น – ตอนกลาง แผนผังของวัดเป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า วางตัวตามแนวทิศตะวันออก - ตะวันตก หันหน้าไปทางด้านทิศตะวันออก กลุ่มโบราณสถานทั้งหมดก่อด้วยศิลาแลง
โบราณสถานสำคัญของวัด แบ่งออกเป็นสองส่วนคือ เขตพุทธาวาส ประกอบไปด้วยอาคารที่อยู่ภายในขอบเขตของกำแพงแก้วซึ่งแบ่งออกเป็นสองส่วน ได้แก่ กำแพงแก้วส่วนที่ 1 มีเจดีย์ประธานและเจดีย์รายตั้งอยู่ภายใน กำแพงแก้วส่วนที่ 2 มีวิหารตั้งอยู่ภายใน เขตสังฆาวาสตั้งอยู่ภายนอกขอบเขตกำแพงแก้ว ประกอบด้วย ศาลา ห้องส้วม (เวจกุฎี) และบ่อน้ำ